喀什是南疆经济比较发达的城市。2010年5月，中央决定在喀什设立经济开发区，总面积50平方公里，引入很多优惠政策。在建的喀什国际免税广场，其预期免税申请额是海南三亚免税额的3倍，达到2.4万元。
在运输方面，虽然飞机场众多，但是南疆向中国内地运输的成本仍然面临时间长、成本高的问题。对外方面，喀什有5个陆路口岸，其中有2个只开放半年。
另外，近年来南疆的安全局势令人担忧。近期发生的一系列暴恐案件，一些暴恐分子来自南疆，在一定程度上影响了投资。
突破口 利用矿产优势 发展农业加工
在5月底举行的第二次中央新疆工作座谈会上，习近平表示，对南疆发展，要从国家层面进行顶层设计，实行特殊政策，打破常规，特事特办。
厉声表示，南疆将来的发展，打破常规是最主要的。如果不能打破常规，南疆发展困难很大。南疆的发展，一定要和市场经济相结合。
在许建英看来，习近平主席的话可以这样理解：首先，以南疆的现状，如果只靠区内发展，没有顶层设计，短期内无法取得较大成效。第二，南疆在社会稳定方面问题突出，某种程度上来说，是暴恐问题的一个重要源头，危及国家安全。经济发展和安全局势稳定，二者是相辅相成的关系，需要国家统筹考虑。
虽然发改委的规划内容没有公布，许建英认为，南疆经济的未来突破口有几项：首先要继续利用矿产业的优势；第二，目前南疆的农业发展不错，其中发展水利建设和节约用水的精细化操作上，可能是未来的一个经济突破口；第三，目前南疆的荒漠比较多，将来希望能够进一步整合。第四，教育一定要跟上。目前，南疆维吾尔族的教育的提升空间很大；最后，在工业布局中，要考虑当地的资源、人才和市场特点相适配，比如进行瓜果业加工。总之，南疆经济一定要发挥自己的优势。
